개인적인 생각으로는, 후자가 전체 Test셋이 공개됐을때, 더 좋은 성능을 보장 할 수 있는지 의문이 듭니다.
현재 진행중인 대회라면, Test셋 중 일부분의 테스트 데이터 셋에서 성능을 측정했을 터인데, 운이 좋게도 lgbm을 오버피팅하니 일부분의 테스트 데이터 셋에서 보다 잘 예측 했다고 생각됩니다. 전체 Test 셋에서는 어떻게 될지 모르는 상태가 되는 것이죠. 
validation과 일부 test 데이터 간의 결과물이 상관관계가 있는 상태에서 유의미하게 score을 낮출 수 있는 방향으로 진행하는게 도움이 될 것 같습니다. ( 검증, 제출의 score을 둘 다 낮출 수 있도록 )