개인적인 생각으로는 Store와 IsHoliday만 해도 차원이 47개가 증가하니 그런 것 같네요

제 기준으로는 했을 때가 더 좋았습니다. (Store만 했어요)
트리기반 모델에서는 원핫인코딩을 할 필요가 없다고 이론 공부 중에 봤었으나, 실제로 해보니 크게 증가했습니다.
제 경우, 성능 증가한 이유는 원핫인코딩 하지않을 경우에 Store의 값 1~45가 수치형(순서형)으로 인식되어 모델에 잘못된 정보가 학습될 수 있어서 그런 것 같습니다.

글쓴이님 경우에 성능이 오히려 감소한 건 직접 말하신 대로 차원 증가 때문이거나 늘어난 차원에 따라서 모델의 크기가 커져야하는데 그러지 않아서ㅡ 이지 않을까 생각합니다. (부족한 실력이라 제가 한 말이 틀릴 수도 있습니다.)