저의 경우에는 소규모 3~5명 정도의 논문읽기 모임을 만들어서 각자가 논문을 초벌로 읽고 토의하는 형식으로 진행한 적이 있습니다. 
코드는 말씀하신대로 깃허브를 참고하고 연습했어요.

안녕하세요 :) 현재 대학원에서 석사과정을 하고 있는 학생입니다! 제 답변이 도움이 될지는 모르겠지만 슬쩍 댓글 하나 남기고 갑니다!
제 경우에는 
1. 논문 스터디를 만들어서 논문 리뷰를 하는 형식으로 진행하고 있습니다. 시험 공부하듯 달달 외웠던 적은 없고, AI(인공지능) 분야의 논문을 주로 읽다보니 구현을 해야할 순간이 많아서 그럴 경우 깃허브나 이미 짜여진 코드를 보면서 공부를 하는 형식으로 진행하였습니다! 제가 다니는 연구실에는 대학원생이 없어서 다른 비교군은 없지만 논문을 읽어야하는 의무감이 있어서 열심히 하려고 노력하고 있어요!
2. 1번 답변에서도 보셨듯 깃허브에 공개된 코드를 보고 이해하고 있습니다! 구현을 혼자 하기에는 많이 힘들 것 같아 깃허브 내용을 참고해 하이퍼 파라미터를 건드려 본다던지, 함수를 바꾸어본다던지 요런식으로 진행을 했던 것 같아요!

제 경우라서 사실 정답은 아니지만, 의문에 대한 답변이 조금 되셨으면 좋겠습니다  :)

안녕하세요.
저는 개인적으로 논문의 핵심 아이디어만 기억하려고 노력하고 깃허브에 있는 코드 참고해서 이해하고 있습니다. 시간이 된다면 코드로 직접 구현해보는 것이 제일 좋은 것 같습니다.

저는 분야(자연어, 비전, 그래프 등...)를 하나 잡고 매주 돌아가면서 해당 분야에 대한 논문 리뷰 스터디를 진행한 적이 있는 데요.
특정 분야에 대한 논문 공부를 하다보니 해당 분야에 대한 내용이 반복되면서 더욱 공부가 되었습니다. 

논문의 모든 내용을 기억하고자 한다면 좋겠지만, 사실상 그렇게 까지 하는 건 어려운 것 같고 해당 논문의 아이디어만 가져가도 좋은 공부라고 생각합니다. 
그리고 이런 아이디어를 논문 저자가 게시한 코드에서 캐치할 수 있다면 더욱 도움이 되는 것 같습니다.